Resolución del problema de búsqueda de epistasia mediante paralelismo y computación heterogénea

Abstract

En este estudio se hablará de la problemática del análisis de la epistasia y del problema de carga computacional que lleva consigo el estudio de grandes conjuntos de datos. También se hablará de algunas de las soluciones software basadas en diferentes tipos de algoritmos que se han utilizado para resolver este problema. Por otro lado se presentará una solución propia de búsqueda exhaustiva, tomando como base la implementación ESMO realizada en MATLAB, que podemos encontrar en (Li, 2017). A partir de dicha solución se realizará una implementación paralela y heterogénea, es decir, que se pueda ejecutar en varios dispositivos diferentes (CPU y GPU) de forma simultánea, aprovechando toda la potencia computacional de éstos. Además, se realizará un estudio sobre la ganancia en tiempo al aprovechar la computación heterogénea.

In this study we will talk about the problem of the analysis of epistasis and the problem of computational load that involves the study of large data sets. We will also talk about some of the software solutions based on different types of algorithms that have been used to solve this problem. On the other hand, we will present our own exhaustive search solution, based on the ESMO solution implemented in MATLAB, which can be found in (Li, 2017). From this solution we will perform a heterogeneous parallel implementation, that is, it can be run on several different devices (CPU and GPU) simultaneously, taking advantage of all the computing power of these devices. In addition, an execution time study will be conducted to analyze the advantage of heterogeneous computing.