Detection of rare genetic variations in the promoter regions of the ATG16L gene in Parkinson’s patients

Abstract

Las mutaciones en los genes ATG se han relacionado con el deterioro de la función autofágica, lo que contribuye a la aparición esporádica de la enfermedad de Parkinson (EP). Sin embargo, se han realizado escasos estudios sobre ins/del dentro de los dominios reguladores de los genes de autofagia en pacientes con EP esporádica. El objetivo de este estudio fue encontrar ins/del dentro de parte de la región crucial del gen promotor de la autofagia central del ATG16L1 en un grupo de pacientes con EP esporádica. Después de desarrollar un marcador genético para encontrar ins/del mediante el análisis del tamaño de los fragmentos, se informó de una mutación rara por inserción (0,45%) en los pacientes. Esta mutación se caracterizó por secuenciación. No se encontraron otros ins/del. Como resultado, la frecuencia de esta inserción debe considerarse como una variante genética rara. Un análisis in silico también destacó la utilidad de una búsqueda GDV que reveló múltiples in/del dentro de ATG16L1 promotor. Además, estas inserciones genéticas podrían encontrarse en pacientes con EP esporádica en el gen promotor ATG161L. Cuando un punto de ruptura como deleciones, inserciones o duplicación en tándem se localizan dentro de un gen funcional, se esperaba una interrupción del gen y una pérdida de función, pero la eliminación o alteración en la secuencia reguladora puede influir en la expresión o la regulación de un gen cercano, lo que puede perjudicar la salud debido a los efectos de la dosis en enfermedades esporádicas.

Mutations in the ATG genes have been related to impair autophagic function, contributing to the sporadic onset of Parkinsońs Disease (PD). However, scarce studies have been performed about ins/del within the regulatory domains of the autophagy genes in sporadic PD patients. This study was aimed to found ins/del within part of the crucial core autophagy promotor gene region of the ATG16L1 in a groups of sporadic PD patients. After developing a genetic marker to find ins/del using fragment size analysis, a rare mutation by insertion (0.45%) was reported in the patients. This mutation was characterized by sequencing. No others ins/del were found. As a results, the frequency of this insertion should be considered as a rare genetic variant. An in silico analysis also highlighting the usefulness of a search GDV which revealed multiples ins/del within ATG16L1 promoter. Furthermore, these genetic insertions could be found in patients with sporadic PD in the ATG161L promoter gene. When a breakpoint as deletions, insertions or tandem duplication are located within a functional gene interruption of the gene and a loss of function was expected but removing or altering in the regulatory sequence can influence the expression or the regulation of a nearby gene which may impair healthy due to dosage effects in sporadic diseases.