A bromodomain-containing protein from tomato specifically binds potato spindle tuber viroid RNA in vitro and in vivo

Abstract

For the identification of RNA-binding proteins that specifically interact with potato spindle tuber viroid (PSTVd), we subjected a tomato cDNA expression library prepared from viroid-infected leaves to an RNA ligand screening procedure. We repeatedly identified cDNA clones that expressed a protein of 602 amino acids. The protein contains a bromodomain and was termed viroid RNA-binding protein 1 (VIRP1). The specificity of interaction of VIRP1 with viroid RNA was studied by different methodologies, which included Northwestern blotting, plaque lift, and and viroid RNA in vivo. Analysis of the protein sequence revealed that VIRP1 is a member of a newly identified family of transcriptional regulators associated with chromatin remodeling. VIRP1 is the first member of this family of proteins, for which a specific RNA-binding activity is shown. A possible role of VIRP1 in viroid replication and in RNA mediated chromatin remodeling is discussed.

Para la identificación de proteínas de unión a ARN que interactúan específicamente con el viroide del tubérculo fusiforme de la patata (PSTVd), sometimos una biblioteca de expresión de ADNc de tomate preparada a partir de hojas infectadas por el viroide a un procedimiento de cribado de ligandos de ARN.Identificamos repetidamente clones de ADNc que expresaban una proteína de 602 aminoácidos.La proteína contiene un bromodominio y se denominó proteína de unión a ARN viroide 1 (VIRP1).La especificidad de la interacción de VIRP1 con el ARN viroide se estudió mediante diferentes metodologías, que incluían el Northwestern blotting, el levantamiento de placas y el ARN viroide in vivo.El análisis de la secuencia de la proteína reveló que VIRP1 es miembro de una familia recientemente identificada de reguladores transcripcionales asociados a la remodelación de la cromatina.VIRP1 es el primer miembro de esta familia de proteínas para el que se demuestra una actividad específica de unión a ARN.Se discute el posible papel de VIRP1 en la replicación del viroide y en la remodelación de la cromatina mediada por ARN.