Estudio de la microbiota intestinal de los porcinos de raza ibérica desde el nacimiento hasta los 90 días de vida

Abstract

El presente trabajo se fundamentó en el estudio de la microbiota intestinal de lechones ibéricos de raza pura. La secuenciación de última generación utilizada en este trabajo, Shallow Whole Metagenomic Sequencing, se llevó a cabo con el genoma completo de las bacterias que componen la microbiota intestinal con lo que se obtuvieron las identificaciones a nivel de especie de los componentes del ecosistema microbiano que componían dichas muestras de contenido intestinal de lechones. Igualmente en este estudio se llevó a cabo la puesta a punto del método de secuenciación usado y comprobado mediante estadística inferencial al respecto de los valores de una Mock Community utilizada junto a las muestras secuenciadas. Una vez que se obtuvieron tanto la identificación taxonómica como las abundancias de cada uno de las bacterias que componían las muestras de microbiota fecal se estudió la influencia que ejercieron factores como el sexo, la edad, la disbiosis intestinal, la alimentación de los lechones y el momento del destete en la composición de su microbiota. Los métodos estadísticos utilizados para los estudios de descriptiva e inferencial en este trabajo son los aplicados a la ecología microbiana de las muestras de microbiota intestinal tanto en medicina animal como en humana. Son metodologías necesarias para conseguir conclusiones al respecto de como influyen factores que afectan a los hospedadores en la composición de su microbiota intestinal. Con ello, las aplicaciones prácticas derivadas de estas diferentes composiciones pueden ser ilimitadas.

The present work was based on the study of the intestinal microbiota of Iberian piglets. The last generation sequencing used in this work, Shallow Whole Metagenomic Sequencing, was carried out with the complete genome of the bacteria that make up the intestinal microbiota, obtaining species-level identificabons of the components of the microbial ecosystem that made up these samples of intestinal contents of piglets. Also in this study, the sequencing method used was fine-tuned and checked by means of inferential stabsbcs with respect to the values of a Mock Community used together with the sequenced samples. Once both the taxonomic identification and the abundances of each of the bacteria that composed the fecal microbiota samples were obtained, the influence exerted by factors such as sex, age, intestinal dysbiosis, piglet feeding and bme of weaning on the composition of their microbiota was studied. The statistical methods used for the descriptive and inferential studies in this work are those applied to the microbial ecology of gut microbiota samples in both animal and human medicine. These methodologies are necessary to reach conclusions regarding the influence of host factors on the composition of their intestinal microbiota. Thus, the pracbcal applications derived from these different compositions can be unlimited.