Epidemiología molecular de Mycobacterium tuberculosis en Ecuador: Diversidad genética de cepas presentes en el país y transmisión en zonas fronterizas con Colombia y Perú

Abstract

La tuberculosis (TB) es una enfermedad infecciosa causada por bacterias del Complejo Mycobacterium tuberculosis (MTBC). Nuestro estudio realizado en cepas de las provincias de El Oro y Esmeraldas, fronterizas con Perú y Colombia, respectivamente, encontró el predominio de cepas del linaje L4. Ambas zonas presentaron una elevada variabilidad genética y la ausencia de clústeres de transmisión activa. Además, hemos determinado la prevalencia de LAM- RDRio en Ecuador como la más baja de la región hasta la fecha (2.1%). Considerando los reportes de baja prevalencia de genotipos peligrosos como RDRio y Beijing (<1%) en Ecuador, es probable que estos valores cambien en la actualidad debido a la política de fronteras abiertas con Perú y Colombia que reportan prevalencias elevadas para ambos genotipos. Por último, el diagnóstico rápido y diferencial de MTBC respecto a otras micobacterias no tuberculosas (NTM) es otro reto en los programas de vigilancia y control. En Ecuador se desconoce la incidencia y distribución de NTM. Nuestro estudio encontró que los kits comerciales basados en PCR de Viasure y Sansure, disponibles en Ecuador, presentan una sensibilidad variable del 75.6% al 94% para la detección de NTM. En conclusión, los resultados de este estudio contribuyen al conocimiento de la distribución poblacional de las cepas de MTB en el país. Además, son estudios pioneros respecto a la vigilancia de TB en zonas de frontera. Finalmente, también se contribuye con información útil para el diagnóstico microbiológico de MTBC y NTM mediante la evaluación de algunas de las pruebas comerciales disponibles.

Tuberculosis (TB) is an infectious disease caused by bacteria of the Mycobacterium tuberculosis Complex (MTBC). Our study performed in strains from the provinces of El Oro and Esmeraldas, at the border with Perú and Colombia, respectively, found the predominance of strains from lineage L4. Both areas showed an increased genetic variability and the absence of active transmission clusters. Also, we determined the prevalence of LAM-RDRio in Ecuador as the lowest in the region to dato (2.1%). Considering low prevalence reports of dangerous genotypes like RDRio and Beijing (<1%), it is probable these values change in present days because of open-border policies with Peru and Colombia, countries that report high prevalence for both genotypes. Finally, fast and differential diagnosis between MTBC and non-tuberculous mycobacteria (NTM) is another challenge in surveillance and control programs. Incidence and distribution of NTM are unknown in Ecuador. Our study found that Viasure and Sansure PCR-based commercial kits, currently available in Ecuador, present a variable sensibility between 75.6% and 94% when detecting NTM. In conclusion, the results of this study contribute to the knowledge of the population distribution of MTB strains in Ecuador, as pioneer studies related to TB surveillance in border areas. Finally, it also contributes with useful information for the microbiological diagnosis of MTBC and NTM through the evaluation of some currently available commercial tests.