Farmacogenética del CYP2D6, CYP2C9 y CYP2C19 en la población costarricense respecto de las centroamericanas y su relación con la ancestría genómica

Abstract

Introducción: Existe variabilidad interétnica en frecuencia de los alelos CYP2D6, CYP2C9 y CYP2C19.

Justificación y organización de los Estudios: Poco se conoce de farmacogenética de poblaciones híbridas centroamericanas. La Tesis tiene dos bloques: análisis de información previa y análisis molecular de población costarricense.

Objetivo: El objetivo es evaluar la información científica en Farmacogenética de Costa Rica en contexto de Centroamérica y del Caribe, determinar si existe variabilidad interétnica de CYP2D6, CYP2C9, CYP2C19 entre los costarricenses y, si la ancestría se relaciona con la variabilidad de los genes.

Material y métodos: Se evaluaron publicaciones científicas e información de voluntarios sanos de la región, además alelos de CYP2D6, CYP2C9, CYP2C19 y 87 marcadores informativos de ancestría(AIMs) en 385 costarricenses (amerindios, mestizos, afrocaribeños). Se utilizó PCR-RFLP, RT-PCR y SequenomiPLEX.

Resultados y Discusión: El país, área terapéutica y biomarcador más estudiados son Puerto Rico, cardiovascular y CYP2D6, respectivamente. Existe variabilidad interétnica en las frecuencias alélicas de los tres genes y fenotipos metabólicos de CYP2D6 y CYP2C19. Entre costarricenses se encontró variabilidad en frecuencias alélicas de CYP2D6, CYP2C9 y CYP2C19, fenotipos extrapolados del genotipo CYP2D6 y ultrarrápidos extrapolados del genotipo CYP2C19. La ancestría de los amerindios es mayoritariamente nativa americana. Los mestizos muestran muchas de las posibles combinaciones de ancestrías. Los patrones de distribución de genotipos y alelos para las proporciones de ancestría africana y amerindia son inversos.

Conclusiones: La actividad científica en farmacogenética de la región es limitada. Existe variabilidad interétnica en la frecuencia de alelos y fenotipos extrapolados de los genotipos de los genes entre costarricenses, por último, la ancestría podría estar asociada con la variabilidad de los genes.

Introduction: Interethnic variability of CYP2D6, CYP2C9 and CYP2C19 alleles has been reported.

Justification and organization of studies: Little is known about the pharmacogenetics of Central American populations. This Thesis has two blocks: bibliographic assessment to analyze the previously reported data and the molecular evaluation of the Costa Rican population.

Objective: To evaluate the scientific information in pharmacogenetics of Costa Rica in the context of the Central American and the Caribbean region, to determine whether there is interethnic variability of relevant pharmacogenetic of CYP2D6, CYP2C9, CYP2C19 within Costa Ricans and if the ancestry is correlated with the variability of the studied genes.

Materials and methods: An evaluation of the scientific literature and of information of healthy volunteers was conducted. Furthermore, allelic variants of CYP2D6, CYP2C9, CYP2C19 and 87 ancestry informative markers (AIMs) were analyzed in 385 Costa Ricans (Amerindians, Admixed and Afrocaribbean subjects). PCR-RFLP, PCR-RT and SequenomiPLEX were utilized.

Results and Discussion: The most studied country, therapeutic area and biomarker are Puerto Rico, cardiovascular and CYP2D6, respectively. Moreover, interethnic variability of the allele frequencies for all three genes, and CYP2D6-CYP2C19 metabolic phenotypes were found. Variability in the allelic frequencies of CYP2D6, CYP2C9 and CYP2C19, and CYP2D6 predicted phenotypes and CYP2C19 ultrarapid predicted phenotype within the Costa Rican groups was found. The self-reported Native groups mostly had Native American ancestry. The admixed individuals showed many of the possible combinations of ancestries. The patterns of distribution of genotypes and alleles for the proportions of African and Native American ancestry are reversed.

Conclusions: The scientific activity in pharmacogenetics in the region is limited. There is interethnic variability in the allele and predicted phenotype frequencies of the genes within the Costa Ricans. Finally, the ancestry might be a factor implicated in the variability of these genes.